Il Museo è suddiviso in due aree. Al piano terra c’è lo spazio “Archeologico” dove sono esposti alcuni preziosi reperti, testimonianze del periodo romano ed etrusco. Al primo piano invece c’è l’area delle “Migrazioni”, dove oltre ai “frammenti” di viaggi e traversate è stata allestita una camera multimediale che permette di “rivivere” i momenti del naufragio del 2013 nel quale morirono più di 360 persone di fronte la costa di Lampedusa. L’organizzazione e la gestione del primo piano è affidata al “Comitato 3 Ottobre”.

“Riapriamo uno spazio di cultura e di conoscenza – dice il sindaco di Lampedusa e Linosa Totò Martello – un luogo nel quale sono esposti simboli e radici nel nostro passato più remoto, e dove è possibile vedere un’esposizione che emoziona e permette, con oggetti, ricordi e suoni, di comprendere alcuni aspetti relativi alle tante difficoltà e sofferenze delle migrazioni che spesso non è facile raccontare solo con le parole”.